民间自制中药申请专利的流程如下：
1、当事人提出专利申请。申请人确认专利文件后，当天向国家知识产权局提交申请，次日返还专利申请文件副本一份、专利号；
2、专利申请受理。约7个工作日国家知识产权局发《专利申请受理通知书》、《专利申请缴费通知书》或《费用减缓审批通知书》，收到受理通知书之日起2个月内缴纳申请费；
3、专利申请初步审查。国家知识产权局收到发明专利申请后，需经初步审查。在初步审查合格之后，自申请日起满18个月，即行公布。专利局也可以根据申请人的请求早日公布其申请。初步审查主要核查：（1）申请文件是否齐备；（2）形式上是否符合标准；（3）费用是否缴纳。在初步审查中，专利局会针对以上事项发出补正通知书，由申请人进行补正；
4、专利申请实质审查。发明申请公开之后，专利局在收到申请人的实质审查请求的情况下，启动实质审查。审查员发出审查意见通知书，在通知书对发明专利申请的新颖性、创造性、实用性等做出评价，并且指出申请文件中的实质缺陷；
5、专利申请授权。授权后国家知识产权局发《授予发明专利权通知书》、《办理登记手续通知书》，申请人授权通知书后2个月内缴纳授权登记费、第1年年费；
6、专利申请发证。申请人在接到授予专利权通知书之后，需要办理登记手续。申请人应当在规定的期限内缴纳专利登记费、授权当年的年费、公告印刷费，同时还应当缴纳专利证书印花税。申请人在办理登记手续之后即可获得专利证书；
7、发明专利申请自申请日起三年内，对于通过实质审核的，发给发明专利证书。
一、如下中药配方不可以申请专利：
1、该中药配方不具备新颖性、创造性和实用性，不可以申请专利；
2、该中药配方违反法律、社会公德或者妨害公共利益，不可以申请专利；
3、专利申请的药物不具备医疗效果或医疗效果不可信；
4、专利申请的药物，其原料中存在不能工业化生产或不能大批量再现的物质；
5、专利申请中的药物，其效果可能有损公共利益。
二、申请专利时长如下：
1、外观设计专利申请通常需要6个月到8个月；
2、实用新型专利申请通常需要10个月到1年；
3、发明专利申请通常需要2年到3年，发明专利申请授权期间一般是3到5年左右。
总之，民间自制中药申请专利的流程为当事人提出专利申请，国务院专利行政部门收到发明专利申请后十八个月内，进行初步审核，符合要求的，即行公布；发明专利申请自申请日起三年内，对于通过实质审核的，发给发明专利证书。
相关法规
《中华人民共和国专利法》
第二十六条 申请发明或者实用新型专利的，应当提交请求书、说明书及其摘要和权利要求书等文件。
请求书应当写明发明或者实用新型的名称，发明人的姓名，申请人姓名或者名称、地址，以及其他事项。
说明书应当对发明或者实用新型作出清楚、完整的说明，以所属技术领域的技术人员能够实现为准；必要的时候，应当有附图。摘要应当简要说明发明或者实用新型的技术要点。
权利要求书应当以说明书为依据，清楚、简要地限定要求专利保护的范围。
依赖遗传资源完成的发明创造，申请人应当在专利申请文件中说明该遗传资源的直接来源和原始来源；申请人无法说明原始来源的，应当陈述理由。
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